Nykyisen Kauppapuutarhaliiton edeltäjä, Suomen Kauppapuutarhureiden seura - Finlands Handelsträdgårdsmästarnas Förening, perustettiin Helsingissä 6.12.1919. Vuonna 1929 järjestön nimi muutettiin Suomen Kauppapuutarhurien liitoksi ja vuonna 1945 Kauppapuutarhaliitoksi. Vuonna 1945 luovuttiin henkilöjäsenyydestä ja yritykset tulivat liiton jäseniksi. Liiton hallinto organisoitiin nykyistä muistuttavalla tavalla kolmiportaiseksi: vuosikokous, hallintoneuvosto ja hallitus. Jäsenmäärä oli vuonna 1945 252 yritystä ja kasvoi tästä aina vuoteen 1957 asti. Tällöin jäseniä oli yli tuhat.

Järjestön toiminnasta julkaistiin Matti W. Kalevin kirjoittama 75-vuotishistoriikki 1994.

Hallintoneuvoston puheenjohtajat
Herman Westerlund, Kerava
K.A.Vakkuri, Hyvinkää 1959 - 1974
Kalle Sipilä, Hämeenlinna 1974 - 1984
Erkki Koivuniemi, Kauhajoki 1984 - 1989
Pekka Rönkkö, Pyhäsalmi 1989 - 2006
Eija Jakobsson, Hollola 2006-

Johtokunnan puheenjohtajat
Väinö Koskinen, Pakila 1945 - 1953
Alvar Luotonen, 1953 - 1957
Reino Murto, Turku 1958 - 1965
Kalle Sipilä, Hämeenlinna 1965 - 1974
Tauno Niinivirta, Turku 1975 - 1983
Esko Murto, Turku 1984 - 2000
Timo Juntti, Kaarina 2001 - 2011
Jali Murto, Turku 2012 -

Toiminnanjohtajat
Paul J. Björk 1919-1920
Ossian Lunden 1920-1937
O.H. Björklund 1938-1939
Aku Lännenpää 1940-1946
Alvar Luotonen 1947-1951
K.A. Vakkuri 1951-1954
Claus Karlsson 1954-1958
Heikki J. Levonen 1958-59
Matti W. Kalevi 1960-1992
Ismo Ojala 1992-2008
Jyrki Jalkanen 2008-